當新生兒早產時，最重要的就是因為各個器官不成熟導致各種健康的問題，包括中樞神經、心肺、血液、腸胃、腎臟、新陳代謝等系統。由於這些臨床異常，早產寶寶常常需要在出生後，立即被轉至新生兒中重度病房或甚至新生兒加護病房，接受進一步的觀察與治療。
早產兒常見的問題包括：
(一)、中樞神經系統：腦室內出血，腦室周圍白質軟化，缺氧缺血性腦病變，高黃疸造成之腦病變。
(二)、呼吸系統：因中樞神經未成熟引起呼吸停止，因早產兒肺部擴張素製造不足造成呼吸窘迫症候群或併發新生兒慢性肺疾，其他還有肺出血，先天性肺炎等。
(三)、心臟血管系統：最常見的問題是開放性動脈導管，在出生後因早產不能完全關閉，導致心肺功能不佳。
(四)、血液系統：貧血，高黃疸，胎兒水腫，維他命K缺乏等。
(五)、腸胃系統：早產兒腸胃功能不良及蠕動不足，壞死性腸炎。
(六)、腎臟系統：血鈉過高或不足，血鉀過高，腎小管酸血症，腎源性糖尿，胎兒水腫等。
(七)、新陳代謝系統：血鈣過低，血糖不穩，體溫不穩，遲發型代謝性酸血症等。
(八)、新生兒感染：來自母體生殖泌尿系統內的大腸桿菌或B型鏈球菌，容易因早產兒免疫功能不成熟發生垂直感染的現象，導致敗血症腦膜炎。
(九)、其他後遺症：諸如腦性麻痺，聽障，視網膜病變而導致視力受損等。
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